卵巢巧克力囊肿通常就是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现。
月经一般在快干净的时候会有颜色较深的少量出血，如褐色分泌物样，但是正常月经在一周内应该可以彻底干净。若是女性出血时间较长，则提示可能存在内分泌失调，或是内膜炎等问题，另外，腺肌症和巧克力囊肿都属于内膜异位症的表现。
是由于子宫内膜侵犯卵巢，种植在卵巢上，经过生长形成囊肿。这种异位的子宫内膜也受雌激素、孕激素的影响，随同月经周期反复增生、分泌、剥脱出血。由于血无法排出，久而久之，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，由于水分被吸收所以粘稠如糊状，似巧克力，所以形象地称之为巧克力囊肿。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，会有疼痛的，而且一般在月经前或者月经中疼痛，此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
不要吃那些葱蒜和辣椒等辛辣刺激性强的食物，会带来极大的痛苦。有的时候如果饮食不当，不仅会加重病情甚至会有更严重的后果。也不要吃过多的虾、蟹这些海产品，因为这些都是发物会对病情造成一定的不良影响。对于那些油炸和过于油腻的食物也不要多碰，本身这种食物也不能吃过多，需要改忌的还是得忌，免得到时候病情加重，那可就来不及了。
发生卵巢巧克力囊肿，可能和内分泌激素紊乱有关，也可能和性生活过频、输卵管阻塞、压力过大等因素有关，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。