卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。某些含有内分泌功能的卵巢囊肿。
卵巢囊肿有生理性的和病理性的囊肿，生理性的对健康和怀孕影响不大，病理性的是可能需要卵巢功能和怀孕。建议卵巢囊肿首先需要结合妇科检查，b超检查，以及月经史判断是否生理性的，生理性的囊肿不需要治疗，病理性需要结合囊肿大小采取药物或手术治疗。
卵巢囊肿大多并不影响怀孕，但若为巧克力囊肿是子宫内膜异位症所致，可致不孕。引起不孕的原因有很多，男方有精子成活率低、输精管堵塞等会引起不孕，女方有妇科感染、不排卵、输卵管不通、抗精子抗体阳性等可能会引起不孕。
一般情况下，左侧卵巢囊肿是否会不孕需根据实际情况来判断，具体内容如下：
彩超显示有卵巢囊肿是左边的，要看囊肿的大小和类型。女性在女性体内排卵后，左侧卵巢囊肿低于三公分，一般不会对妊娠造成什么不良反应。如果是左边的卵巢有不规则的回音，或是出现了分格，又或是进行性的痛经，那么就需要怀疑是巧克力囊肿的表现。
左侧卵巢囊肿不孕可以给予盆腔理疗、抗生素类口服药物医治，卵巢囊肿可能会逐渐的萎缩并且消失，如果是左侧卵巢囊肿较大，直径达五厘米以上，要采用手术行囊肿剥除术医治。
一般囊肿比较大很可能会导致并发症，但是导致不孕症的可能不大，一般都是可以调理和治疗的，所以应该多加强营养看一下分泌物和经期的情况是否正常，建议在排卵期同房，怀孕的几率比较大。