妇科内分泌失调引起的雌孕激素水平低；多次药物流产、多次人工流产清宫术、刮宫术或者宫腔电切手术后子宫内膜受损伤、粘连；子宫内膜慢性炎症；少见的还有子宫发育畸形等。
一般初潮龄较迟或初潮后经量过少，第二性征出现较迟，月经后雌激素分泌不足，常见的症状有行经期短、经量极少、甚或点滴即净、色淡红、兼有头晕耳鸣、腰酸腿软、足跟痛等症状。适量的雌激素、孕激素可以在一定程度上增加子宫内膜的厚度，改善子宫内膜薄的症状；多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄；子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略。
如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；内分泌失调会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，造成子宫内膜薄。先天性畸形造成的子宫内膜薄，子宫内膜炎、多囊卵巢综合征，都有可能破坏子宫内膜的生长。
清宫手术或者人工流产造成子宫内膜损伤引起宫腔不全粘点导致子宫内膜偏薄。内分泌失调引起的雌激素水平过低，可以引起子宫内膜过薄。结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。
先天因素，部分女性子宫内膜先天偏薄。宫腔操作，有流产史的女性存在宫腔操作史，易造成宫腔粘连或子宫内膜损失。子宫内膜结核，结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。节育环的频繁操作，节育环出现异位及取环等各种手术操作，反复损伤子宫内膜，导致其逐渐变薄。
子宫内膜是受到卵巢性激素影响发生变化的，如果卵巢性激素比较旺盛，会让子宫内膜增长比较快，子宫内膜就会相对比较厚，如果子宫内膜在卵巢性激素下作用比较弱，可能就会导致子宫内膜比较薄；另外还有做清宫或者流产次数多了，都可能会导致子宫内膜变的比较薄，子宫内膜薄主要会导致月经量少，子宫内膜脱落时候毛细血管出血少。