如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
不同地区的经济条件存在差异导致不同地区的费用不同，大部分为二百元左右，但是有些经济相对发达的地区费用相对要高一些，经济相对落后的地区费用就要低一些，但是不会有太大的差异。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
当地的三甲不同类型的卵巢囊肿，有不同的治疗方法：真正的卵巢肿瘤，要根据肿瘤的性质及组织分类进行特异性治疗；如果是恶性肿瘤，要应根据肿瘤分期选择不同的治疗方法，常见有手术切除等。
卵巢囊肿做手术费用大约在6000元—7000元，各个医院及各个地区间的收费标准不一样，三甲医院一般在一万块钱左右。手术时间可以选择在月经干净三天以后，术后要注意休息，不要受凉，不要吃生冷辛辣刺激性食物。
卵巢囊肿应该挂妇科，卵巢囊肿是大多是卵巢的良性肿瘤，是最常见的妇科疾病。可发生于任何女性年龄，以生育期为多见。最常见的就是内分泌紊乱引起的。如果卵巢囊肿不是很大，可以考虑保守治疗，如果囊肿比较大一经超过5.0以上了，那么还是尽早手术治疗比较好一些。