一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
中医根治霉菌性阴道炎一般可采取阴道内用药、口服药物等方法。
在中医里，霉菌性阴道炎因湿热下注会增加阴道内的分泌物，从而造成细菌侵入，可以选用清热解毒、除湿、杀虫止痒等药物。可以阴道内用消糜栓、保妇康栓等药物。以及妇科千金片、妇炎康片、花红片等都是可以服用的。和西医的治疗方法差不多，都是在医生指导下按照疗程来服药，只不过这个周期比较慢，一般20多天。
霉菌性阴道炎是一种可以治愈的疾病。具体分析如下：
由于霉菌性阴道炎与阴道假丝念珠菌感染有一定的关系，因此可以选择克霉唑阴道栓进行治疗。局部用药无效，可以口服或静脉输液。在日常生活中要注意养成良好的生活作息，不要过于劳累，否则会导致机体免疫力下降，从而影响到霉菌性阴道炎的治疗。霉菌性阴道炎的严重程度和个人的体质不同，具体的治疗时间不能一概而论。
霉菌性阴道炎内要注意个人的私密部位的卫生，可以在医生的指导下服用消炎的药物，同时还要注意内裤的清洁，多饮用温水，帮助排除身体中的有害物质，有利于霉菌性阴道炎的修复。最近最好不要同房，以免引起疾病的恶化。如果出现了严重的霉菌性疾病，可以口服抗菌的药物，比如克霉唑阴道片等。在饮食上，尽量不要吃辛辣和刺激性的食品。
霉菌性阴道炎容易复发，很难根治。
长期大量用栓剂、清洗类药物，容易使阴道菌群失调，破坏微生态环境，治疗效果会越来越差，可能是有了耐药性。外阴局部潮湿、伴侣不注意卫生，霉菌容易复发，患脚气也会导致霉菌迁延不愈。患者饮食要清淡，洗澡时避免过度搓洗皮肤，穿棉质内裤以，要宽松舒适，减少摩擦，保持规律的生活，进行锻炼，内衣裤放在太阳下暴晒消毒，不吃海鲜、辛辣、刺激的食物，不抽烟喝酒。