巧克力囊肿多指卵巢巧克力囊肿，学名卵巢子宫内膜异位囊肿，此疾病属于子宫内膜的一种病变，腹腔镜检查也是目前临床上诊断巧克力囊肿比较好的方法，其他辅助检查，如影像学检查、血清测定等。
巧克力囊肿的病人一经诊断，建议尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用药物治疗，对于预防短期内复发可能有一定的帮助作用。还可以选用激素药，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿如何检查问题，需要做的检查有：阴道后穹隆穿刺。这种检查可以抽出咖啡色或者是巧克力色浑浊液，甚至有的是血性液体。抗子宫内膜抗体，这是一种以子宫内膜为靶抗原，可以引起一系列的免疫病理反应的一种自身的抗体，是子宫内膜异位症的一个标志抗体。B型超声检查。这种检查方法可以看见附件区和子宫密切相连的地方有一个轮廓不规则的囊腔，其液性暗区中充满弥漫性的杂乱细回声，或者是不均匀的片状回声。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。