卵巢巧克力囊肿采用的是微创(腹腔镜)手术，腹腔镜手术就是在腹部的不同部位做数个直径5～12毫米的小切口，通过这些小切口插入摄像镜头和各种特殊的手术器械，将插入腹腔内的摄像头所拍摄的腹腔内各种脏器的图像传输到电视屏幕上，外科医生通过观察图像，用各种手术器械在体外进行操作来完成手术。
手术不是很简单，巧克力囊肿一般是子宫内膜移位导致的；输卵管积液是由于输卵管炎症导致的输卵管闭塞，使输卵管内的分泌物流不出来集聚在输卵管。巧克力囊肿和输卵管积液一次麻醉两个疾病一起手术，费用根据医院的级别不同收费标准不太一样的。
采用腹腔镜微创手术，灭活异位的子宫内膜，微创手术，创伤小，清除和灭活异位内膜病灶更全面。通过药消灭物微小的异位病灶，使之快速凋亡，并调控激素水平，避免子宫内膜异位症死灰复燃。
合理饮食，注意休息。补充全面的营养，多喝牛奶，可多吃水果，多吃蔬菜。补充适当动物植物蛋白。少吃辛辣食品，避免使用含有激素的化妆品，尽量少吃激素含量过高的食物，保健品等。规律的作习，勿吃太多烧烤或口味太重的食物。
每年定期去医院复查，平时最好是多运动，多喝水，还要多吃青菜，苹果之类的更好，可以服用一些中药来进行调理，中医的舒肝理气，活血化瘀的治疗方法治疗，有一定的疗效的。
克力囊肿手术可以做那种剥离手术，手术以后也要定期复查。巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症，主要是由于子宫内膜异位症的卵巢，周围有结缔组织包绕形成，目前治疗巧克力囊肿的主要方法就是手术治疗。
