如果确定有卵巢囊肿最直接的方法就是采取手术治疗。进行这种手术一般都是在全身麻醉或者是局部麻醉下进行局部消毒，然后局部进行切开皮肤逐渐迁至这一个囊肿将其切除掉。术后要注意休息，避免劳累。
要进行常规的体格检查，抽血化验以及心电图、透胸透、血压的测量等。有特殊情况的还要做进一步的检查。确定身体可承受手术，充分做好术前准备灌肠、备皮。进入手术室，先进行输液、麻醉，开始手术、将卵巢囊肿剔除后要再次进行腹腔探查，无异常情况关腹，手术结束。手术后将卵巢囊肿，组织送去做病理检查。
对于卵巢囊肿的女性在切除以后，最常见的危害，可能会影响卵巢功能的分泌和排卵。
有些女性在性卵巢囊肿切除以后，也有可能会损伤到女性的卵巢，影响卵巢的内分泌和排卵功能，导致女性出现月经失调，甚至可能会引起继发性的不孕症，多数做卵巢囊肿手术都是微创手术，没有明显的不良反应。
建议：注意休息，避免过度劳累，如有不适症状需立即前往正规医院专科诊治。饮食清淡，忌辛辣刺激等食物，忌烟酒。
卵巢囊肿剥除影响生育的。
卵巢囊肿对生育的影响：1、生理性的卵巢囊肿的影响一般不大。2、少数人特别是卵巢囊肿如果有比较大会影响排卵，可能就没办法生孩子；3、影响女性的内分泌，影响月经形成月经失调；4、卵巢肿瘤形成的卵巢囊肿，也会由于肿瘤比较大，把卵巢压迫变形，形成排卵的故障，也会影响生育。
建议应该保持良好的心态，工作中做到劳逸结合，身体不要过度劳累。过分的操劳容易导致体质下降，对病情的康复不利。
超声介入卵巢囊肿，首先，一定要进行术前的评估，只有考虑囊肿的性质为良性的可能性大的时候，才可以进行穿刺，如果是恶性的卵巢囊肿，很可能会导致肿瘤扩散。其次，在手术的时候要通过超声定位，选择离穿刺点最近的部位进行穿刺，可以将穿刺针伸入到囊肿正中央，定位后可以利用注射器将囊内液抽取出来，并且送病理检查。还可以向囊肿内注入固定液，防止复发。手术之后还需要观察患者的生命体征，有没有腹痛、发热等情况。
肿瘤良性、扭转较轻、表面尚未变色，也可考虑剔除肿瘤，保留患侧卵巢。切除之肿瘤，因扭转后的继发改变，难从表面作出判断，应常规切开仔细观察。如可疑恶性，需送冰冻切片，以决定子宫及对侧附件之处理。切除了一侧卵巢，只有一侧卵巢，虽然不影响月经、生育，但是以后要注意，再得卵巢囊肿必须立即治疗。