药流三天后肚子疼，需要排除子宫内是否还有残留的胚胎组织，及时到医院进行腹部B超的检查，进一步明确诊断，如有残留需要进行清宫手术在此期间不要接触生冷寒凉的食物注意保暖，避免受寒。
药流以后子宫有收缩性的疼痛，属于正常的，一般疼痛的时间是在1周左右，所以药流三天肚子还有疼痛，属于正常，问题不大，药流以后可以服用药物进行适当的消炎治疗，同时配合一些活血化瘀的药物治疗，疗程一般是在1周左右，配合红糖水，温开水，饮食方面清淡温和，同时配合热敷小肚子，都有助于改善疼痛，要禁止性生活，多注意休息。
如果是药流以后有时肚子疼的状况是比较正常的，疼一段时间孩子就慢慢的流下，疼的较为严重，要去医院进行治疗，以防止出现大出血，如果是药流不干净是要进行刮宫的。药流后要注意多加休息。
流产第三天肚子疼怎么办需根据实际情况来判断，具体内容如下：
人流手术出现腹部疼痛，有宫缩的症状，也有可能是流产不全，也有可能是淤血。可以到医院的妇产科做一些检查，比如子宫附件彩超、绒毛膜促性腺激素等。流产不全需要进行清宫，也可以通过药物进行治疗。口服益母草颗粒、强力生化胶囊等，还可以口服一些抗生素来防止感染。平时要多注意保暖，避免食用辛辣刺激的食品。
药流后吃益母草腹痛是正常的。估计药物流产后子宫收缩引起的疼痛，注意观察出血量。如果出血量不超过月经量，是正常的。不要紧张，继续服用益母草能促进出血的排出，同时也能消炎治疗，防止感染。流产后复查妇科B超检查有无残留。
如果因为身体虚弱而吃药，会在药物流产后腹痛。事实上，药物流产后会有腹痛。它通常持续2到3天，但不会引起任何特殊的疼痛。只是隐隐作痛。尤其是如果很虚弱，疼痛可能会持续更长时间。应该注意好好休息。