治疗宫颈病变疗效理想的方法是微米光、射频消融仪等。另外远红外线光照和波姆光疗的使用也比较普遍。相对来说比较好的是BBT射频消融术不影响生育、痛苦小，副反应少，并发症极低，不需要住院或仅需短期住院。
初期宫颈囊肿可以采取药物疗法。宫颈囊肿同宫颈糜烂、宫颈息肉一样，是慢性宫颈炎的一种表现。平时要注意锻炼身体，适当注意营养卫生，保障身心健康；实行计划生育，采取避孕措施，尽量避免多次人流对宫颈的机械性损伤。
对于散在的比较小的宫颈腺囊肿不需治疗，只要每年检查即可；对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗；对于较大的突出于宫颈表面的，可电刀切除治疗。不会影响日常的工作和生活。在长期炎症刺激下，少数慢性宫颈炎具有恶变倾向，故仍需高度关注。因此宫颈囊肿每年要做宫颈涂片检查，除外宫颈癌及癌前期。
宫颈囊肿在怀孕早期要注意休息，加强营养，定期进行产前检查，如果囊肿生长速度较快可以在四个月左右进行手术治疗。怀孕期间有宫颈囊肿的话，不用过于担心，不会影响胎儿的，目前怀孕了，一定要加强营养，注意休息，不能熬夜，定期做孕期检查。
选择使用物理疗法来进行治疗宫颈囊肿，传统的物理疗法包括冷冻、激光、微波等，根据自身的情况，可以在医生的指导下选择治疗的方法。除了传统的物理疗法，也可以选择使用微创疗法进行治疗。在使用物理疗法治疗疾病时，也可以选择使用药物进行辅助。
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种，是常见的一种妇科疾病，对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可；对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗，平时建议注意卫生，防止感染。