巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿怀孕还是有一定的危险的，影响生育功能，如果得了巧克力囊肿，对于子宫内膜和卵巢都是一定的伤害，可能会导致排卵障碍，影响生育，如果得了巧克力囊肿，建议治疗康复以后再进行怀孕。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
巧克力囊肿是妇科病中最复杂的病，是患病女性挥之不去的梦魇，是最不易治疗的良性肿瘤。到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。现在怀孕期间对于胎儿发育有可能会导致不良影响的情况，体内激素的变化是可以影响囊肿继续增大的几率性的。
怀孕了有巧克力囊肿没有影响。
巧克力囊肿是因为经血排不出去造成的，如果怀孕了，就会长时间不来月经，这时候巧克力囊肿就会慢慢萎缩直至消失。不过，从万事万物的规律来看，事物总是会尽量向对自己有利的方向发展，既然怀孕会使巧克力囊肿消失，那么巧克力囊肿为了保护自己，也会减少患者的受孕几率，所以，巧克力囊肿对女性怀孕的影响是很大的。
如果卵巢巧克力囊肿较大，会导致子宫压力，影响子宫生长，导致孕妇流产或早产现象。容易难产：过度囊肿，压迫子宫和胎儿，导致胎儿畸形，影响正常分娩，分娩困难。囊肿本身不影响胎儿，但如囊肿引起并发症，或恶性肿瘤的发生，所以在对胎儿的治疗中有影响，甚至不得不放弃妊娠。