无痛肠镜的风险主要是包括麻醉的风险以及肠镜本身的风险。无痛肠镜时多采用丙泊酚等快速麻醉剂，虽然肠镜结束后，会很快的恢复意识，但是也有可能造成头晕、头痛、乏力等不适症状。最重要的是有可能引起麻醉意外，特别是由于无痛肠镜一般不放置气管插管。
通常来说，无痛肠镜全麻有风险，比如心脏功能下降、呼吸暂停、穿孔等。
肠镜是一支细长可弯曲的医学仪器，直径大约1厘米，结肠镜通过肛门进入直肠，直到大肠，可让医生观察到结肠和大肠的内部情况。结肠镜检查是医生用来检查大肠及结肠内部病变的一种诊断方式。而如果进行无痛肠镜，通常需要进行全麻，这种情况可能会产生一定的风险，比如比如心脏功能下降、呼吸暂停、穿孔等。
无痛肠镜一般是不建议做的，主要因为无痛肠镜需要在全身打麻醉药，经过麻醉后才能达到无痛效果。一般情况下，肠镜检查并不痛苦，一般人都能承受，但是如果做了无痛肠镜，完全麻醉了，可能会影响到脑部神经的发育，所以一般不建议做无痛肠镜。做无痛肠镜是有一定风险的，但是通过一定的方法可以降低风险。患者可根据自身情况，选择合适的检查方式。
无痛肠镜容易使患者出现胃穿孔、麻醉意外等事故。
无痛肠镜虽然舒适度很高，但是由于在肠镜的检查过程中，患者处于全麻状态，无法与内镜医师进行交流，有可能导致内镜医师进镜过快，引起肠道粘膜损伤，造成出血甚至穿孔。另外无痛肠镜需要应用速效麻醉药物，在麻醉的过程中有可能出现低血压和短暂性呼吸暂停，偶尔出现肌阵挛、惊厥、角弓反张等癫痫样运动。甚至还会出现过敏反应，严重的还可以导致过敏性休克和缺氧性脑病，危及生命。
建议做无痛肠镜最好是去正规医院检查，如果检查完出现剧痛甚至出血时，需要反馈给医生。在检查后不要吃刺激辛辣的食物，不要做剧烈的体育运动，可适当食用些易消化流质食物。
一般情况下，无痛肠镜检查有风险，具体内容如下：
如果患者选择通过无痛肠镜检查来明确自身的身体状况，在进行肠镜检查之前，患者通常还需要进行麻醉，这两项操作都存在一定的风险。因此，无痛肠镜检查是有风险的。如果患者对麻醉药品过敏，可能会在麻醉过程中出现呼吸障碍的情况，严重时甚至可能威胁患者的生命。此外，在肠镜检查的过程中，患者也可能会出现出血、肠穿孔等情况。因此，在进行无痛肠镜检查之前，需要为患者排除各项禁忌症，并对患者的身体状况进行评估，再决定是否进行检查。
无痛肠镜检查有风险，但一般不会对患者的身体健康造成影响，建议患者不要担心。
无痛肠镜是一项有一定危险的项目，在进行无痛肠镜检查时，首先要进行全麻，同时还要考虑到患者的心脏病和肺病，所以在进行无痛肠镜的时候，要先进行心电图，CT等的检测。另外，肠壁脆弱的病人，在做无痛肠镜的时候，会有肠穿孔，溃疡，大小便失禁等情况。