宫腔镜检查后的危害有一个子宫内膜损伤的过程，但是微创的损伤很小，操作熟练，几乎没有损伤，还有就是术后的感染的倾向，任何一个宫腔内的操作都需要术后应用抗生素，2到3天预防感染的，术后会有黄色水样分泌物持续流出1到2周，其他没有特别的副作用。
宫腔镜检查后的危害有子宫穿孔：多为机械性损伤。主要发生在宫腔粘连分解、子宫纵隔矫形、Ⅱ型子宫黏膜下肌瘤切除和子宫内膜切除等较为困难的手术过程中。出血：子宫肌层切割过深、损伤深肌层血管时，容易发生宫腔出血。低钠血症：应用生理盐水膨宫后，已少有低钠血症发生。
宫腔镜检查的时候同时做了诊断性的刮宫，在临床上和普通的诊刮术一样，有可能会造成病原菌感染，但是宫腔镜下做诊刮比普通的诊断性刮宫更安全，因为可以通过镜头的反射大屏幕上了解宫腔内的情况，不至于造成子宫穿孔的可能性，术后建议给予口服消炎药两到三天，主要是预防感染。
一般情况下，在做宫腔镜的时候，可以将检测透镜插入子宫和阴道中。但若不正确的处理，或必须进行更深入的检测，就有潜在的危险。宫腔镜会导致宫颈破裂，或者子宫穿孔的情况，严重时还可能会导致大出血。也有可能是因为阴道炎的逆行，顺着阴道的方向进入子宫。不过这种事情很少见，引起其他妇科疾病，与妇产科的诊治相比，对身体不会造成太大的伤害，且随着时间的推移，身体慢慢恢复，则伤害会逐渐减小。
宫腔镜检查的危害会出现一些副反应，首先第一个就是出血，做完宫腔镜之后会有一些少量的阴道流血，主要是取子宫内膜或者是宫颈上的一些内膜组织送化验，会有一些血管破裂导致出血，术后一般都会给予止血药物，同时给予口服消炎药物，来预防出血、感染等。