此药副作用是消化道的不良反应最多，包括恶心，呕吐，食欲不振等不良反应，甲硝唑它的代谢产物会对胃肠道产生刺激。因此在服用甲硝唑的时候，要饭后半小时服用，这样可以减轻对消化道的刺激。
甲硝唑孕妇不可以塞。
甲硝唑塞到阴道内通常是指甲硝唑栓、复方甲硝唑阴道栓等甲硝唑阴道用药，这种药物在女性怀孕期间是不能使用的。在怀孕期间，胎儿的发育是比较容易受到外界因素干扰的，特别是怀孕初期，是及其容易因为外界因素的干扰，从而导致意外流产的。所以在孕期出现的阴道瘙痒，只要不严重，那么只需要注意清洁即可，暂时不要选择用药。
对滴虫和阿米巴原虫有强大的杀灭作用，也可用于治疗厌氧菌感染，主要用于治疗阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿及滴虫性阴道炎，治疗滴虫性阴道炎，对牙周炎也有一定的疗效，外用大多用于治疗痤疮、疥疮、酒糟鼻。
以消化道反应最为常见，包括常见的呕吐、恶心、食欲下降、上腹部不适，一般不会影响治疗。神经系统疾病症状可以有头痛、眩晕，偶尔有感觉异常肢体麻木，多发性神经炎大剂量的可以引起抽搐。不过都能都是可逆性的，停药后可以自行恢复。
甲硝唑的副作用有恶心呕吐，食欲不振以及腹部绞痛的症状。甲硝唑主要是用于治疗和预防厌氧菌引起的系统和局部的感染，大剂量也会发生抽搐，少数病例还会发生荨麻疹、面部潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难。
滴虫性阴道炎是由阴道毛滴虫引起的常见阴道炎，也是最常见的性传播疾病。临床上患者多主诉外阴分泌物增多，典型表现为稀薄脓性，泡沫状，伴有外阴瘙痒。经白带化验即可确诊。
甲硝唑是治疗滴虫性阴道炎最主要的药物治疗所采用的药物。甲硝唑通常采取全身给药的方式，因为滴虫性阴道炎的患者可能同时存在尿道等多部位的滴虫感染。通常采取的初次治疗可以选择甲硝唑2g单次口服，或者甲硝唑400mg，每日2次，连服7天。
建议患者每次月经干净后复查一次，连续三个月个月，减少复发，及时治疗。对于复发者，可重复上述治疗方案。
