理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
女性有巧克力囊肿最典型的症状就是痛经。观察一下囊肿的大小来决定治疗方案。如果巧克力囊肿比较大，并且位置并不是很好，那么还是尽早的手术治疗比较好一些。可发生剧烈腹痛、甚至休克，并伴恶心、呕吐。只要确诊，即立即手术切除。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
是有可能会的，如果巧克力囊肿比较大，有可能会引起腰疼。巧克力囊肿病人的症状表现主要有小腹坠胀感、排尿困难、腰酸腰疼、白带增多、月经紊乱等。由于囊肿的存在，很多人都会有腰骶部酸痛的症状。并且还会有小腹坠胀感。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
