子宫内膜异位症的病因像其他许多疾病一样，至今不明。主要的学说及发病因素有：异位种植学说，即随经血逆流，种植于盆腔任何部位，也可通过淋巴或者静脉向远处播散。化生学说即体腔上皮受激素或生化刺激转化为子宫内膜样组织。诱导学说即未分化腹膜组织转化为子宫内膜组织。遗传因素免疫与炎症因素与该病发生有关。
子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。内膜细胞本该生长在子宫腔内，但由于子宫腔通过输卵管与盆腔相通，因此使得内膜细胞可经由输卵管进入盆腔异位生长，病因一般有经期同房，剖腹产，妇科疾病等造成。
子宫内膜异位的原因：月经疾病，忽略经期卫生，行经期间不忌房事，妇科不必要的内诊检查，过重的挤压。子宫位置不正。生殖器官异常。妇科手术操作。多次做人工流产手术会使子宫腔内压力改变。子宫内膜碎片通过输卵管进入盆腔。
人流会造成子宫内膜异位症的出现。特别是一些条件不佳的医院进行的不当人流方式，导致受术者宫血逆流，从而容易发生子宫内膜异位症。同时还可能出现习惯性流产、宫内感化等症状。所以女性应做好避孕措施，尽量避免进行流产手术。
通常情况下，子宫内膜异位症是由经血逆流、淋巴扩散等造成的，可以通过药物治疗、手术治疗等来治疗。具体分析如下：
子宫异位症是由于多种因素造成的，首先经血逆流导致子宫的上皮细胞进入到输卵管或者卵巢附近持续生长，就会产生子宫内膜异位。此外和淋巴的扩散以及静脉的扩散有很大的关系，子宫上皮细胞随着淋巴和静脉转移到身体的其他部位就会出现子宫的异位。此外还有一些医源性的种植，例如在剖宫产手术以后也会出现卵巢和输卵管的子宫异位。患者可以口服炔诺孕酮片治疗，也可以选择一些中药来进行调理，例如桂枝茯苓丸、血府逐瘀胶囊等等。如果症状持续加重，需要考虑进行手术治疗。
可能是因为经血逆流，即月经后含有内膜细胞的血液经输卵管进入腹腔、盆腔等部位；月经后含有内膜细胞的血液通过血管或淋巴管进入血液循环或淋巴循环系统中；在雌激素或其它激素的诱导下，非内膜细胞转化成子宫内膜细胞。