卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
左侧卵巢囊肿，如果患者的囊肿已经确诊为病理性囊肿，可以在医生指导下通过手术治疗，如开腹手术、腹腔镜手术等。腹腔镜的手术损伤比较小，身体恢复得会快一些，但手术得费用也会相对较高。建议患者在手术后需要将剔除的囊肿送病理化验，并定期复查，了解自身身体的恢复情况，因为如果患者得囊肿属于卵巢巧克力囊肿，复发性会比较高。
卵巢囊肿的治疗方案包括有良性的治疗，也包括有恶性的治疗，如果是良性的囊肿的话，病变比较小，而且比较轻微，大多是由于炎症感染所引起的病情。可以选择合适的药物进行治疗，可以取得良好的治疗效果，如果是囊肿比较大，出现有局部压迫的症状，需要及时进行手术治疗，如果是恶性病变的话，就需要及时进行手术治疗、放疗、化疗或者联合治疗。
较小的卵巢囊肿，们可以等待观察、定期复查或者通过中药治疗，超声治疗、介入栓塞治疗，如果持续增大或者有恶变的可能，们可以选择手术治疗，包括卵巢切除术、输卵管卵巢切除术、全子宫及附件、切除手术治疗。
考虑长期的工作压力导致精神紧张，抑郁是会诱发出现胃肠功能紊乱的。建议做一些心里疏导，同时避免长期的劳累，生活作息不规律，还有吸烟饮酒等情况，注意清淡饮食，可以口服奥美拉唑，莫沙必利改善您反酸，胃胀等情况，也可以适当寻求中医治疗。
主要通过药物和手术的方式，其中主要是手术的方式，腹腔镜显微技术，可以有效治疗卵巢囊肿。如果囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤的话，多为功能性囊肿，可以密切随访，若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗。