生理性卵巢囊肿，通常发生在排卵周期的育龄妇女，但不管用药不用药，通常会在3个月内自行消失，大部分是良性的，能自行消退无需手术，但如果囊肿较大或进行性增大，或破裂。则也该手术切除。
卵巢生理性囊肿是不用治疗的，因为主要是排卵之后形成的黄体，那么黄体没有正常的萎缩又由于黄体内部压力的关系，有少量的出血就会相对增大，表现为囊肿，这种囊肿的直径不会大于五公分，而且不会引起任何症状，在月经干净以后，会明显缩小，直到消失，所以不用药物治疗，也不用给予特殊处理。
生理性卵巢囊肿5.3公分需要手术治疗。
卵巢囊肿是比较普遍的妇科疾病之一，它包括生理性囊肿和病理性囊肿。对于生理性的卵巢囊肿，如果超过5公分的话，就要看囊肿持续时间从而有针对性的治疗。如果囊肿刚长出来没多久可以先行观察。一旦持续时间大于三个月，就要进行手术治疗，从而切除囊肿，可以到医院做进一步咨询。
建议避免吃一些脂肪含量高以及热量高的食物，平时可以适当锻炼，比如做瑜伽，慢跑等。也要注意好好休息，不能经常熬夜。
生理性卵巢囊肿主要是等待观察治疗。
等待观察囊肿是否自动消退是生理性卵巢囊肿的治疗方式。生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿不一样，生理性卵巢囊肿患者的囊肿大多比较小，在几个月内会自己消退，患者可以观察一段时间，无需进行手术治疗。除非发生病变，则需要手术的介入。
生理性囊肿患者主要是观察为主，在观察期间要注意避免情绪起伏过大，多做舒缓的运动增强体质，但要避免过于激烈的运动。
一般情况下，生理性卵巢囊肿可以采用以下方式来去除：
患有生理性卵巢囊肿，没有出现明显的不适症状，可以暂时不治疗，进行临床观察。生理性囊肿一般会自己消失。患有生理性卵巢囊肿，如果囊肿很大，有腹胀、腹部疼痛等症状，可以进行穿刺。生理性卵巢囊肿如果在短期内增加的幅度很大，可以进行手术来切除。患者可以根据自身的实际情况，选择适合自己的治疗方式。
一般情况下，生理性的卵巢囊肿是由于女性在月经周期中出现了卵泡的发育过度，或是由于黄体的生长太大而导致的，具体分析如下：
正常来说，这个生理上的囊肿在一星期内就会自行消退。女性来月经后要做常规检查，一般不需要做特别的治疗。而病理性囊肿在经期过后会一直存在，不会自行消退。女性经期过后做B超检查，可以明确诊断为生理性卵巢囊肿。