如果是生理性的囊肿，于月经周期及内分泌激素有关，可以消失；但器质性病变的卵巢囊肿，即使绝经后也不会自动消失。如果较大，需要手术切除。小于五厘米可以采取保守治疗的，大于五厘米是需要考虑手术治疗的。
卵巢囊肿绝经后会消失，以前检查时有过卵巢囊肿的情况，现在已经绝经了，卵巢囊肿有可能会缩小的。卵巢囊肿可以半年左右复查一次，如果出现腹痛或有阴道出血的情况需要及时就诊。绝经后性激素水平下降，卵巢囊肿有可能会自行变小或消失的，注意复查就可以了。
功能性囊肿也会自行消失，而且还不用等到绝经后，在生殖年龄的女性当中相当普遍。异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿。这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。
绝经后出现的卵巢囊肿一定要注意，不要把它当成是一种普通的疾病，如果肿瘤标记物不是很好，那么就需要做一些随诊的检查。
3-6个月做一次B超检查，发现囊肿在短期内有明显的增长，要考虑是否有恶性的疾病。应视手术后的病理情况而定。
良性疾病患者术后需进行辅助性化学治疗，若囊肿仍在绝经期，建议行外科手术，以清除肿瘤，以确定是否有肿瘤。日常生活中要密切观察是否有腹部疼痛和突然的腹部疼痛，有可能是囊肿扭曲引起的。
卵巢囊肿如果是第一次查出来并且超声提示没有回声。可以观察三个月，三个月以后去医院复查，如果仍然没有消失的话，要手术治疗。因为卵巢囊肿还是有恶变的可能性的。平时要注意身体。
一般情况下，停经后查出患卵巢囊肿不排除恶变，具体分析如下：
如果女性已进入绝经期时，身体激素水平会发生变化，体质抵抗力就会相对降低，恶变机会就会增加。因此建议要及时检查和治疗，通常都是在卵巢囊肿上做手术，可以根据临床实际来决定术式。手术后要做好各项基础工作，并注意护理，避免进行剧烈运动，并保持积极乐观的心态。
