长方案是经典方案，抑制早发LH峰，周期取消率低，并在获卵率和妊娠率方面，优于短方案。但是长方案用药时间长，费用增加，OHSS率增加。短方案更灵活，用药时间短，但是其获卵数少，妊娠率低，常用于卵巢功能低下的人群。长方案可用于卵巢功能正常和卵巢功能低下的人群。现在国内生殖中心做试管婴儿采用长方案的更多一些。
短的治疗适用于老年妇女或卵巢功能差的妇女，只要正常精子可以作为试管婴儿使用，现在就不能准确判断成功率，试管婴儿长方案的适应年龄较小、卵巢储备功能好的女性。
长方案是经典方案，抑制早发LH峰，周期取消率低，并在获卵率和妊娠率方面优于短方案，但是，长方案用药时间长，费用增加，卵巢过度刺激率增加。短方案更灵活，用药时间短，但是，获卵数目少，临床妊娠率低。
对于排卵规律的患者，可以选择自然周期长方案，对于排卵不规律的患者，可以选择口服避孕药加长方案。自然周期长方案一般是从来月经的第1到2天，或者B超监测排卵后5到7天开始使用达菲林降调节。口服避孕药加长方案一般是口服避孕药后第16到18天，做B超没有异常，开始使用达菲林降调节。一般经过14到20天左右达到降调节标准，达到标准之后开始使用药物促排卵。
在进入IVF周期前，多数情况下会让妇女在前一个周期服用避孕药，目的是抑制排卵，这样可以避免自然周期万一妊娠，在月经前应用GnRH激动剂对胎儿造成影响。另外，对于月经不规律的人，应用避孕药便于确定促排卵的时间。此外，应用避孕药还可以防止卵巢生理性囊肿的形成，利于促排卵治疗。
试管婴儿短方案全流程首先周期始于月经来潮第2天，抽血查性激素，阴道B超检查，如条件允许，则皮下注射短效曲普瑞林0.1mg。次日抽血检查性激素的升高状况，在卵巢反应良好下，开始加用促排卵药物进行控制性促排卵，促排药物应用10天左右，应用时间需看卵泡生长的状况而定。卵泡生长至直径17-18mm后应用绒毛膜促性腺激素扳机，打夜针后34-36小时取卵。