卵巢巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症可以考虑手术治疗。可以做腹腔镜下微创手术，如卵巢巧克力囊肿剔除手术、盆腔内子宫内膜异位病灶剔除手术或者电凝手术。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿巧克力可以采取药物治疗也可以微创。
巧克力卵巢囊肿如果较小的情况下，可以口服药物进行调理。每三个月做一次彩超，复查卵巢囊肿增长的速度。如果逐渐减小，或者没有增长，可以继续使用药物治疗。如果增长速度较快，或者巧克力囊肿比较大，是需要及时进行手术治疗的，可以选开腹手术，也可以选择微创手术。但是要选择避开生理期，安排好生活工作，术后需要休息半个月左右。
建议：定期做B超检查，结合食物治疗，不要吃辛辣的饮食，烟酒最好也忌口，保持良好的生活习惯。
46岁巧克力卵巢囊肿可以采取保守治疗和手术治疗。
卵巢巧克力囊肿治疗方法有两大类，第一个是保守，通过药物，药物也有很多种，有的是打针，有的是上环，因为环上面带有药，还有口服药物。另一个治疗方法就是手术，也分好多种。第一个是在介入的情况下，用根针把巧克力抽出来，让囊肿变小甚至消失。第二种是做整个囊肿的拔出，当然有微创的方法。还有就是把卵巢切掉。第四种手术方法就是绝经法，基本上就相当于绝经，这样的话不会再复发。
建议平时不要剧烈的运动，而且饮食方面需要尽量避免吃一些生冷寒凉的食物，而且还需要定期的去医院做检查。
通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
还是比较严重的，巧克力囊肿为子宫内膜异位症的一种表现形式，药物治疗效果较差，可考虑腹腔镜切除，因为是子宫内膜异位症的一种，就是在来月经的时候会有进行性加重的腹痛。