巧克力囊肿，那小的囊肿可以通过药物保守医治，如果是过大的囊肿那必须要考虑通过手术的方法来解决，手术后必须要结合有效的药物医治，以防术后再复查，因为巧克力囊肿是子宫内膜异位症造成的，都是直接造成不孕的主要原因。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和巧克力差不多，主要是因为子宫内膜脱落，形成月经，月经周期反复脱落，可有局部的出血现象在卵巢里形成了积血，最后导致了巧克力囊肿的产生。初期的巧克力囊肿可采用药物治疗，并密切的随访复查，注意卵巢囊肿的变化。严重的卵巢囊肿者要给予手术治疗。
巧克力囊肿症状：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
卵巢巧克力囊肿的危害有：引起月经不调、腹痛、性生活痛等不适症状；造成盆腔器官的粘连；导致弥漫性腹膜炎；引起输卵管阻塞，导致不孕。反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛。需要去正规医院专科治疗的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米以上，是需要考虑手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法。
巧克力囊肿可以导致不孕、痛经、月经不调等疾病，如果囊肿还不大，是不严重的，可以通过传统的中药调理，西药治疗等方法来抑制囊肿的增大，巧克力囊肿的直径超过五厘米，必须要通过腹腔镜手术，开腹手术来进行治疗。