对滴虫和阿米巴原虫有强大的杀灭作用，也可用于治疗厌氧菌感染，主要用于治疗阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿及滴虫性阴道炎，治疗滴虫性阴道炎，对牙周炎也有一定的疗效，外用大多用于治疗痤疮、疥疮、酒糟鼻。
此药副作用是消化道的不良反应最多，包括恶心，呕吐，食欲不振等不良反应，甲硝唑它的代谢产物会对胃肠道产生刺激。因此在服用甲硝唑的时候，要饭后半小时服用，这样可以减轻对消化道的刺激。
甲硝唑一般都用于治疗肠道和肠外阿米巴病，还可以治疗阴道滴虫病、小袋虫病和麦地那龙线虫感染，还可以用于厌氧菌感染。甲硝唑不良反应有的时候会很多，会出现恶心、呕吐、食欲不振，还包括神经系统的头痛、眩晕这些。
功效与作用，简单地讲具有抗厌氧菌和抗原虫的作用，临床主要用于预防和治疗厌氧菌引起的感染，如呼吸道，消化道，腹腔及盆脓感染，皮肤软组织，骨和骨关节等部位的感染以及脆弱拟杆菌引起的心内膜炎，败血症及脑膜炎等。
可以针对口腔内疾病，起到很好的消炎止痛作用。主治牙龈炎、牙周炎、冠周炎及口腔溃疡，如果伤口疼痛，可以针对厌氧菌起到消炎的效果。可暂时的缓解疼痛，而且不易复发。违抗厌氧菌药物，可以阻碍细菌的代谢、滋生。