妇科囊肿有宫颈囊肿和卵巢囊肿区分，宫颈囊肿可采用激光手术的方法来治疗。卵巢囊肿可通过做腹腔镜下的卵巢囊肿剥除术来治疗。卵巢囊肿剥除术需要在月经干净之后三天到七天进行手术治疗。
附件有囊肿也不要害怕，因为妇科囊肿是女性的常见病，如果附件有囊肿，要看囊肿的大小，一般囊肿在五厘米以下，需要吃药观察治疗，如果囊肿大于五厘米，一般建议进行手术摘效果比较好，建议到正规的医院找专业的妇产科医生进行附件囊肿手术。
卵巢囊肿的性质很多。囊肿怎么治疗主要和囊肿的性质有关系。一些生理性的囊肿，比如黄体囊肿，吃药可以消散，或者不吃药，观察两三个月经周期也能自然消掉。再就是炎症引起的炎性包块，也是用药就可能治疗好，囊肿比较大，超过五厘米以上，或者性质不是囊性的，而是囊实性的，或者实性的，一般需要手术治疗。
妇科炎症有囊肿需要通过手术的方式治疗。
妇科炎症囊肿可以采取传统手术或者微创手术，具体的手术方案需要根据囊肿的位置以及大小决定。治疗前要到医院进行彩超扫描检查，需要进行囊肿位置的明确，且要进行囊肿直径的测量，需要根据个人的体质，选择适合个人的手术方案进行治疗。
在手术后要做好局部的护理工作，要避免伤口部位出现病原菌侵入，存在感染的情况下，有引起并发症的可能性，不利于自身健康。
宫颈囊肿治疗可以使用物理方法，用锋利的刀或针刺破脓肿，使囊肿内液体流出然后再施用药物。宫颈囊肿大多数是由阴道炎症或宫颈炎症引起的，是良性病变并且生长缓慢，是慢性宫颈炎的病理分类之一。在恢复阶段应该吃更有营养的食物，多吃新鲜蔬菜和水果，并补充身体的叶酸和维生素。要注意外阴卫生，穿棉质内衣宽松透气的内裤。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿，是指排卵后黄体形成的囊肿，这种囊肿临床上一般不会超过五公分，1个月以后，多数会自行消失，所以不用治疗，另一种就是病理性囊肿，一般肿瘤直径大于五公分，如果是巧克力，囊肿往往伴随痛经的情况和不孕的症状，如果是畸胎瘤B超可以诊断卵巢上的肿瘤，一旦发现，尽快做手术治疗。