甲硝唑属于一代的硝基咪唑类药物，奥硝唑属于甲硝唑的更新换代产品，属于三代的硝基咪唑类药物。首先奥硝唑的副反应比甲硝唑少，比如甲硝唑容易和酒精产生反应，有类似于双硫仑样反应，奥硝唑由于结构的优化就不会产生，其次奥硝唑的半衰期比甲硝唑长，能够降低患者耐药率、耐药风险。临床上有些细菌对甲硝唑可能会产生耐药性，奥硝唑对于甲硝唑耐药的细菌临床应用有效。
奥硝唑和甲硝锉的区别是甲硝唑属于第一代抗厌氧菌药物，奥硝唑属于第三代抗厌氧菌药物。甲硝唑在临床上所引起的副作用相对比较多，大约有百分之15-百分之30左右的病人应用甲硝唑都可能会引起胃肠道反应。
人工牛黄甲硝唑主要是用于治疗急性智齿，牙周炎或者是牙龈炎，牙槽脓肿，牙髓炎等口腔病变，而且主要是选择口服或者是局部塞药。甲硝唑片主要是治疗女性的阴道滴虫性感染，或者是细菌性感染，同时也多用于厌氧菌感染。
两者在作用和用途上基本是一样的。甲硝唑属于第一代硝基咪唑类药物，替硝唑属于第二代硝基咪唑类药物，还有奥硝唑属于第三代硝基咪唑类药物。替硝唑是甲硝唑的衍生物，甲硝唑是老一代产品，替硝唑是甲硝唑的升级换代产品，替硝唑抗细菌、抗寄生虫的效果比甲硝唑要强一些。
奥硝唑与甲硝唑的区别，奥硝唑用于由厌氧菌感染引起的多种疾病。男女泌尿生殖道毛滴虫、贾第鞭毛虫感染引起的疾病。手术前预防感染和手术后厌氧菌感染的治疗。甲硝唑，治疗阴道滴虫病。治疗肠道及组织内阿米巴病。
甲硝唑片和奥硝唑片的区别在于耐药性不同，而且药物的效果也有差别。甲硝唑属于一代的硝基咪唑类药物，奥硝唑属于甲硝唑的更新换代产品，奥硝唑的副反应比甲硝唑少，其次奥硝唑的半衰期比甲硝唑长。