要进行常规的体格检查，抽血化验以及心电图、透胸透、血压的测量等。有特殊情况的还要做进一步的检查。确定身体可承受手术，充分做好术前准备灌肠、备皮。进入手术室，先进行输液、麻醉，开始手术、将卵巢囊肿剔除后要再次进行腹腔探查，无异常情况关腹，手术结束。手术后将卵巢囊肿，组织送去做病理检查。
如果确定有卵巢囊肿最直接的方法就是采取手术治疗。进行这种手术一般都是在全身麻醉或者是局部麻醉下进行局部消毒，然后局部进行切开皮肤逐渐迁至这一个囊肿将其切除掉。术后要注意休息，避免劳累。
肿瘤良性、扭转较轻、表面尚未变色，也可考虑剔除肿瘤，保留患侧卵巢。切除之肿瘤，因扭转后的继发改变，难从表面作出判断，应常规切开仔细观察。如可疑恶性，需送冰冻切片，以决定子宫及对侧附件之处理。切除了一侧卵巢，只有一侧卵巢，虽然不影响月经、生育，但是以后要注意，再得卵巢囊肿必须立即治疗。
超声介入卵巢囊肿，首先，一定要进行术前的评估，只有考虑囊肿的性质为良性的可能性大的时候，才可以进行穿刺，如果是恶性的卵巢囊肿，很可能会导致肿瘤扩散。其次，在手术的时候要通过超声定位，选择离穿刺点最近的部位进行穿刺，可以将穿刺针伸入到囊肿正中央，定位后可以利用注射器将囊内液抽取出来，并且送病理检查。还可以向囊肿内注入固定液，防止复发。手术之后还需要观察患者的生命体征，有没有腹痛、发热等情况。
良性囊肿如滤泡囊肿大都在3厘米左右，的囊肿是有可能自行消失的。此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失。如果继续增大的话，就需要手术治疗了。
