卵巢囊肿的微创手术，一般通过腹腔镜的方法进行处理，通过在女性腹部切口，引导腔镜到达女性的卵巢部位，针对囊肿进行手术剥离或穿刺，可以有效的改善卵巢囊肿的症状。
卵巢囊肿手术分为开腹手术和腹腔镜下手术两种方式。开腹手术，充分做好术前准备后，在手术室内，由麻醉师进行麻醉，麻醉效果出现后行手术治疗。剖开卵巢皮质后，轻轻地拨除卵巢囊肿，用3-0的可吸收肠线逐层缝合、闭合瘤腔，术中未见明显出血后行卵巢皮质内翻缝合卵巢成形术，手术中尽量多保留卵巢的皮质。巧克力囊肿术中黏连致密，可以行卵巢楔形切除术后，再行卵巢成形术。腹腔镜下手术只是创伤微小。
附件区的囊肿多见长在卵巢上，可根据大小、症状决定治疗方法，有药物治疗、观察和手术切除，手术可分为微创和开腹。如果开腹手术时间和微创手术时间基本一样，术中如果顺利，一般一小时左右。需要在月经干净后一周之内做，这样会避免出血。
卵巢囊肿穿刺手术过程就是经阴道穿刺，然后吸出囊液，通常不需要住院，腹腔镜下手术是先放出囊液，然后再利用腹腔镜进行穿刺。卵巢囊肿穿刺手术主要包括经阴道超声下手术和腹腔镜下手术。
卵巢囊肿在临床上不可以穿刺手术治疗。因为一旦穿刺，如果卵巢囊肿是巧克力囊肿，很可能会使病情加重。如果是其他性质的囊肿，在没有明确诊断之前做穿刺，一旦具有恶性成分，也会使肿瘤进一步扩散。
如果卵巢囊肿做的是微创手术，一般是需要住院五到七天左右。手术以后是需要禁止性生活六周。平常是需要注意休息，避免劳累，定期的到医院做复查。饮食是需要吃一些瘦肉类的食物，有助于身体的恢复，平常注意健康饮食，少吃一些辛辣刺激性的食物。