药流三天后孕囊还没完全排出需要去医院清宫治疗，以免出血过多。流产后要注意休息，不要吃辛辣刺激的食物，不要过度活动，注意外阴卫生，尽早去医院做清宫术，术后在医生指导下进行药物治疗。
药物流产有百分之二十五的不完全流产率。如果不完全流产不需要再次清除子宫，将对子宫造成很大的伤害。流产时胎盘摘除时，子宫壁上的伤口可能有少量出血。随着子宫收缩和伤口修复，阴道出血一般在三到五天内逐渐停止，最多十到十五天。如果孕囊没能排干净，要进行清宫术。
药流时孕囊排出来当天会有肚痛现象，子宫收缩时就会感觉到腹痛的，服用一些促宫缩的药物，来促进子宫恢复以及促进残留物的排出，如果疼痛厉害，可以服用止痛药来缓解疼痛，要注意休息。
药物流产需要在怀孕七周以内，不超过49天是可以做药物流产的，并且效果比较好。如果孕囊没有排出，需要进行彩超检查。如果孕囊确实还在宫腔内，可能是药物清除不了，清除不了也是需要做手术治疗的。
孕囊没有排出来，可以再做清宫。孕囊没有排出来，是药物流产失败，不用再继续口服药物了，可以直接再做清宫。清宫和人工流产是差不多的，对子宫及内膜有一定的创伤。注意观察阴道出血情况，注意保暖避免着凉，合理饮食，忌盆浴，忌性生活，注意外阴卫生。
如果用药物流产孕囊没有排出，还是到医院进行清宫治疗，以免出血过多对身体造成伤害，如果药流孕囊没有排出，可能会出现腹部疼痛或者大出血等情况，严重时会威胁到女性的生命。