巧克力囊肿CA125上升，提示可能存在重度的内膜异位症，有深部的内膜异位病灶。在诊断早期内异症时，CA125上升不会太明显，所以检查腹腔液中的CA125值，此时的检测值可能较血清的值更有意义。
巧克力囊肿与体内激素水平有关，药物治疗仅仅能抑制内膜的增生，还不能完全治疗好，巧克力囊肿有缩小，可是采用药物治疗，但是不能盲目的治疗，如果想尽快要孩子，就需要通过手术治疗，因为药物治疗疗效慢。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表现，简单来说就是子宫内膜异位到卵巢上，每个月随着卵巢激素的周期性变化，局部出现出血，形成血肿，血肿内的血液经过吸收后，变得较为粘稠，成巧克力汁状。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿是一种肿块，并不是肿瘤那样的病，只是属于一种病变。巧克力囊肿还会导致怀不上孩子的，所以，如果经过检查，真的发现巧克力囊肿，一定要积极的选择手术，但是巧克力囊肿还是一种比较麻烦的病，如果异位生长，每次切除之后都会重新长出来，所以为了保证生育能力，还是选择手术比较的好。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是妇科病中最复杂的病，是最不易治疗的良性肿瘤。它到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想。