卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是不会影响寿命的，但是其复发率非常若不接受正确的治疗，反复的发作会让生不如死。所以对治疗手段上的选择一定要谨慎。
患有巧克力囊肿是影响正常受孕的。
会产生有40%不孕的可能，不过很多患者也是可以正常怀孕的。导致不孕症的原因和囊肿的大小以及粘连的程度有关系，巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一种，多数为一侧卵巢，也有双侧卵巢同时发病。如巧克力囊肿发生破裂，囊内所含的陈旧性经血会向腹腔扩散，严重影响生育功能。囊肿破裂后会引起剧烈腹痛。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿是卵巢囊肿中的一种。区别是单纯的卵巢囊肿可能不会有疼痛。除非发现囊肿特别大，有卵巢瘤体扭转会出现这种疼痛，一般体检的时候能够发现。而巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势，用药一般不能够缓解。疼痛每个月都有，并且逐渐加重。所以区别是巧克力囊肿比卵巢囊肿疼的更严重一些。
巧克力囊肿表现主要为痛经，性交疼痛，不孕症等。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加等长到一定大小，会自发破裂。还有很多是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象。