卵巢囊肿分为生理性或者病理性，生理性的与卵巢周期有一定关系的，一般都不需要处理，在五厘米以下，无回声区，边界清，大多数会自然消失。可以在三个月月经后做B超的复查。
避孕药可抑制卵巢囊肿生长。卵巢囊肿大多属于非肿瘤性囊肿，即卵巢的功能性囊肿，其直径也很少超过5厘米，这些囊肿并不是肿瘤，大部分是良性的，口服避孕药通过抑制垂体激素分泌，抑制了对卵巢的刺激作用，阻断卵泡生成和抑制排卵，防止发生卵巢功能性囊肿。
立刻手术切掉，卵巢囊肿通常是良性肿瘤，不会生长很快，也不会消失很快，但是如果检查后确诊为卵巢囊肿，一段时间复诊后发现长得很快，就需要立刻做手术切除掉，不要紧张，尽快治疗比较好，否则容易出血或者肿大，对身体影响很不好，术后不要吃辣的，合理饮食，保持心情愉快。
卵巢囊肿可以通过按摩来缓解，按摩时，病人采取仰卧的方式，医生采取站立的方式，用手掌，按摩病人的小腹，十次，手法应该柔和，然后施掌振法3到5分钟。然后用双掌大拇指放在血海穴上，其他的四指，拿按膝上肌肉，通常需要操作3分-5分钟。
卵巢囊肿的治疗时间要根据病情的严重性来定，长期的饮食结构，生活习惯不好等因素造成体质过度酸化，引起代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿。卵巢囊肿一般内科保守治疗是没有什么效果的，一般建议手术治疗。