两种药物性质一样，但是奥硝唑更好一些。替硝唑主要治疗多种厌氧菌引起的感染比如腹腔感染，盆腔感染，支气管感染，肺炎或者败血症，口腔感染，以及术后伤口感染。还可以作为甲硝唑的替代药，用于治疗消化性溃疡或者胃窦炎。
甲硝唑、替硝唑、奥硝唑三者的区别为它们都是同族的，抗厌氧菌。只是甲硝唑是第一代产品，替硝唑是第二代，奥硝唑是第三代。在结构上，母环相同，只是侧链取代基不同。治疗效果依次升高，副作用依次减小。
奥硝唑和甲硝锉的区别是甲硝唑属于第一代抗厌氧菌药物，奥硝唑属于第三代抗厌氧菌药物。甲硝唑在临床上所引起的副作用相对比较多，大约有百分之15-百分之30左右的病人应用甲硝唑都可能会引起胃肠道反应。
两者在作用和用途上基本是一样的。甲硝唑属于第一代硝基咪唑类药物，替硝唑属于第二代硝基咪唑类药物，还有奥硝唑属于第三代硝基咪唑类药物。替硝唑是甲硝唑的衍生物，甲硝唑是老一代产品，替硝唑是甲硝唑的升级换代产品，替硝唑抗细菌、抗寄生虫的效果比甲硝唑要强一些。
两种药物是可以一起服用，如果胃肠功能差，服用后可能会有胃疼等不适反应的。首先不要过于紧张，如果害怕有不良反应，可以间隔一个小时服用就可以的，不适期间多喝水，禁忌辛辣刺激性食物，多食用果蔬，有助于病情尽快改善。
