治疗儿童肛周脓肿有许多方法。症状轻微的病人可通过局部应用一些相关的药膏进行治疗，也可以服用一些相关的药物进行治疗，如果保守治疗效果不明显，应及时去医院进行手术治疗。给孩子多吃蔬菜，以保持大便通畅。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且逐渐加重，会吃不下，睡不着。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。发热，还会出现大小便不畅、食欲缺乏、失眠。方法只有手术，且越早越好。在无条件或身体条件不允许手术的情况下可以选择药物治疗。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿初起未成脓者，可用凉血解毒、清热利湿的中药内服。也可配用一定的抗生素，以促使其消散。若已成脓者，则宜早期切开排脓，以防炎症侵及肛门直肠周围间隙和疏松组织，形成范围较大的脓腔。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。