肛周脓肿最主要的治疗办法是进行手术切开引流，发生原因主要是由于肛窦的炎症反复发作导致的。也有一部分病人是有基础疾病，包括糖尿病，很容易诱发局部软组织的感染。如果不注意肛周的卫生，导致了肛门的软组织感染，也会继发肛周脓肿的发生。住院治疗通常需要3-5天的时间，在局部麻醉下或者硬膜外麻醉下进行切开引流。
婴儿肛周脓肿需要保持好良好的大便，避免过于稀淌的大便，大便完成后，需要给予及时的清洁，坚持温水坐浴。观察患儿肛周的红肿状况，感觉皮肤菲薄、有明显的波动感，需要及时进行切开引流。
肛周脓肿和肛瘘属于一个病的急性发作和慢性迁延期交替过程，而且对侧又形成了一个，属于多发。应该尽早手术治疗，全麻，很简单、安全，住院观察3～5天。肛周脓肿是肛门直肠周围组织急性化脓感染的结果。痔疮如果没有感染，不会引起肛周脓肿，如果感染长大，可能诱发肛周脓肿。
肛周脓肿手术后建议还是住院观察。每天需要换药，观察伤口，如果感染等于前功尽弃的，还有的脓肿会合并有肛瘘的，还需进一步处理。以免感染，不利于恢复，恢复期间，要禁止辛辣刺激油腻饮食，保持大便通畅，以及肛周卫生即可。
需要住院，住院时间约为5~10天。住院时间也因每个人的体质、手术中的创伤和后期护理的不同而不同。恢复期间，注意个人卫生，防止感染，不要有太多的动作，轻轻地坐起来，防止伤口裂开，饮食中多吃清淡易消化的食物。