成人百日咳多数是由于细菌感染所导致的，做细菌培养，多数证明为革兰氏阴性杆菌感染的可能性较大。治疗上首先要让患者多注意休息，尽量给患者选择安静、空气清新，阳光充足的恢复环境。治疗期间选择大环内酯类药物治疗。
小儿百日咳情况下服用镇咳祛痰的药物来治疗，如果痰液比较粘稠可以选择雾化吸入，如果经过一段时间的治疗症状没有得到缓解，是需要进行检查对症治疗，平时要注意室内空气的流通，给孩子多吃易消化的食物。
百日咳是由百日咳博德特氏菌感染引起的。这种疾病会引起反复刺激性干咳，咳嗽后会出现鸡样回声。治疗很麻烦。雾化吸入应用于缓解咳嗽症状。治疗时间至少应为3至4周。如果孩子一直咳嗽，百日咳的可能性几乎为零。还是应该考虑炎症刺激，如支原体感染或衣原体感染。
百日咳是儿童常见病，如果宝宝得了百日咳，需要及时到医院进行治疗，药物效果比较好，副作用小孩子比较容易接受。孩子在哺乳期间大人也要注意饮食，饮食方面要节制，没有刺激性。
新生儿百日咳可以选择抗生素治疗，早期应用抗生素能够消除细菌，还可以雾化，同时要注意保证休息，避免呕吐，清除咽腔的分泌物如痰液，预防并发症，保持呼吸道的通畅，及时吸痰、吸氧。