婴儿发烧超过39度时，除了吃退烧药外，还可以同时用物理降温的方法，如让宝宝喝大量温白开水，用酒精或温水擦浴，冰袋或冷毛巾冷敷头部，颈部两侧，腋窝，肘窝，股沟处等。会有很好的效果的。
如高于三十八度五还是需要及时口服退烧药治疗，另外就是白天及时去医院找出发热原因正规治疗。治疗的关键是查血常规等明确发热的原因，退热属于对症治疗，查明原因进行对因治疗才是最重要的。
通常情况下，婴儿发烧39摄氏度比较严重。具体分析如下：
发烧是当机体在致热源作用下或体温中枢的功能障碍时，使产热过程增加，而散热不能相应地随之增加或散热减少。如果婴儿发烧39摄氏度，属于高烧，可能会导致什么不适，还可能会形成脓毒血症、肺炎、颅内感染等严重病变，所以婴儿发烧39摄氏度比较严重，应及时采取有效的治疗措施。
一般来说，可以通过测量体温判断婴儿发烧。具体分析如下：
小儿正常体温常以肛温36.5～37.5℃，腋温36～37℃衡量。通常情况下，腋温比口温低0.2～0.5℃，肛温比腋温约高0.5℃左右。如果婴儿肛温超过37.5℃，腋温超过37℃，一般算发烧。如果体温不超过38.5℃，家长可以通过温水浴、毛巾擦拭等方式给孩子进行物理降温，如果体温超过38.5℃，家长可以遵医嘱给孩子使用乙酰氨基酚、布洛芬等药物退烧。家长还要观察孩子的精神状态，还有身上发热、脸色发红等情况。
一般情况下，婴儿发烧，如果身体温度不超过38.5℃，可以采用物理降温，热水洗身体和热水浴是最安全、最有效的方式，这种方式可以使血管膨胀，加快血液循环，促进热量排出。如果婴儿的身体温度高于38.5℃，可以服用美林、泰诺林等药物。发烧的时候要多给孩婴儿饮水，以免出现脱水的情况，给婴儿的身体带来其他不良的影响，影响身体健康。
婴儿发热达到39度的时候，已经属于高热的范畴，需要使用药物进行退热的，但是注意小于6个月的婴儿尽量不用退热药物，而是以喝水、物理降温、观察为主，在病情确实需要的时候，再吃退烧药。