可以通过手术矫正，隐匿性阴茎治疗主要包括观察等待和手术矫正。肥胖儿隐匿性阴茎经减肥可明显改善。对于青春期以后仍无明显好转的隐匿性阴茎可以行手术矫正。
隐匿性阴茎指的是发育正常的阴茎，由于各种原因导致阴茎头不能外露。
当它处于疲软状态时，大部分阴茎海绵体都隐藏在阴腹区和下腹区的脂肪中，很少能在体表看到，包皮是一种空虚的状态，常伴有包茎和包皮外口狭窄。阴茎勃起时，阴茎的长度和直径与正常成人接近，根据病因可分为隐匿阴茎、埋藏阴茎和限制阴茎。患者通常可以通过手术方式，缓解临床症状。
隐匿的阴茎可能影响胎儿生殖系统的发育，也可能影响未来的性生活。目前，需要手术。隐蔽的阴茎不同于一般的包皮环切术。这可以在五岁时完成。如果阴茎完成后正常排尿是可能的，暂时不会有问题。青春期结束后，再次观察发育情况。如果阴茎没有发育，也可以考虑通过午睡来促进发育。
阴茎的大小跟遗传，体质等因素有关，如果阴茎勃起后长度超过8厘米，一般不会影响性生活，性生活的质量主要取决于性技巧及性经验，跟阴茎大小关系不大。如果阴茎勃起后长度不足8厘米，且难以进行性生活，建议到当地三甲的男性科就诊，必要时可进行手术治疗，不要到私立男科医院就诊，以免上当受骗。
通常情况下，隐匿性阴茎是指阴茎体外观短小，几乎完全藏于耻骨前软组织内，但阴茎实际长度与同龄儿相比并不短的一种异常情况。隐匿性阴茎患者的主要临床表现为阴茎外观短小，排尿时出现包皮鼓胀，或伴有排尿困难。隐匿性阴茎患者需上推包皮，进行清洗，保持局部卫生。隐匿性阴茎是患者也可以通过做手术去除包皮口的狭窄以及发育异常的肉膜，使阴茎体有足够的包皮覆盖。
首先术后要注意卫生，大小便后及时擦洗干净，避免感染；因为术后包皮局部会有不适感，所以要避免搔抓局部；3个月内应该卧床休息，避免活动，减少不良刺激，以免引起充血导致伤口愈合不良。