治疗办法是进行手术，可以选择在局部麻醉下将病变切除，手术当中应该选择肛周的放射状的切口，以免术后形成瘢痕。术中仔细地分离病变和包膜，避免出现残留，切口进行结节缝合。在手术以后，急性期可以口服抗炎的药物，并且注意在每次排便之后，应该及时的进行清洗和换药。
表浅脓肿可选择口服抗生素。对范围相对大的脓肿需联合用药，抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，待瘘管形成，内口明确，再行手术。为进一步减少手术创伤，可用双向等压引流手术治疗，术中用半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环。
首先要进行抗生素抗感染治疗，多选用对细菌有效的抗生素，进行抗感染治疗。还可以进行温水坐浴、局部理疗，可以缓解疼痛。饮食方面需要注意，多吃水果、蔬菜，可以减轻排便时候的疼痛感。
肛周囊肿可以去当地正规的大医院咨询后进行检查治疗。可以多吃新鲜蔬菜水果补充营养，当然也可以通过一些食补，比如鸽子汤等补充元气的，但是在饮食上肯定是需要忌口的，就是辛辣刺激食物一定不能吃，还要戒烟戒酒。
肛周脓肿的治疗方法就是手术治疗，这是快速痊愈的直接办法，平时主要不要熬夜上火，保持大便通畅，多吃清淡易消化的食物；多吃富含优质蛋白的食物。不要吃辛辣煎炸油腻饮食。
囊肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。囊肿形成时，即应手术引流。囊肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。在囊肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。