对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
治疗宝宝的肛周脓肿，主要是要从饮食和生活习惯入手。饮食卫生，首先如果是母乳喂养的宝宝，应该要注意母亲乳头的清洁，哺育前应该用干净的毛巾仔细的擦洗。人工喂养的宝宝，应该注意奶具的严格消毒，喂奶前应该先双手洗净，喂剩的奶液可以丢弃。如果是已经到了添加辅食的宝宝，一定要循序渐进地添加辅食，饮食上要有规律，而且要根据季节调节饮食。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。
可以服用相关消炎药物，进行抗感染治疗。如果肛周脓肿后期，脓肿破溃有脓流出，脓肿可能慢慢消退，这时可以用外用的中药坐浴，脓肿就慢慢消退。注意肛部卫生情况，后期还有可能形成肛瘘，可能会再次形成脓肿，或者早期形成脓肿之后，后期身体免疫力差，脓肿会再次发作。