小儿的肛门囊肿有自愈的可能，治疗的情况要看病人的病情，大部分是可以治疗的，小儿肛门囊肿主要就是切开引流，切开后要多清洗，一但肿块起来，最简单的方法是用注射器针头直接扎破，脓流出来就好了，多清洗，平时注意护理就可以了。
婴儿肛周囊肿每个人的体质都是不一样的，恢复的时间也会有所不同，婴儿出现了肛门脓肿，方法就是进行手术切开引流排除脓肿。手术后的恢复时间因人而异，快的情况下一周左右就可以完全恢复，慢的情况下可能需要2到3周的时间才能够恢复正常。
婴儿肛周囊肿有可能反复。肛周脓肿又叫肛门直肠周围脓肿，中医上称之肛痈，是由上火、湿热、淤滞造成的；西医肛周脓肿主要是细菌感染引起，当细菌通过肛窦、肛腺进入皮下，在病人免疫力低下时，形成肛周脓肿。
婴儿肛周脓肿见好主要表现出来的症状就是红肿的情况消失，在脓肿的部位有消肿的迹象，宝宝不会在因为脓肿的疼痛而剧烈的哭闹，平时在宝宝的患处要注意卫生，在每一次排便后，一定要尽快地清洗等皮肤上的水分蒸发以后再穿上干净的尿不湿。
家长们不要用手去接触囊肿的地方，用洁净的纱布把它包好盖住。这种病一般只有通过手术才能治疗好，所以家长们要赶紧把新生儿送到附近的医去治疗，当医生给新生儿做完手术后，家长要按照医生的要求去办，例如怎样吃药，如何去预防。
婴儿的肛门和直肠部分的组织发生的急性化脓性的感染，被称为肛周脓肿。肛周脓肿大多发生在男婴身上。因为男婴在3个月之前的睾酮水平是很高的。婴儿发生肛周脓肿是和婴儿的性激素水平高低有关系的。