肛周脓肿最主要的治疗办法是进行手术切开引流，发生原因主要是由于肛窦的炎症反复发作导致的。也有一部分病人是有基础疾病，包括糖尿病，很容易诱发局部软组织的感染。如果不注意肛周的卫生，导致了肛门的软组织感染，也会继发肛周脓肿的发生。住院治疗通常需要3-5天的时间，在局部麻醉下或者硬膜外麻醉下进行切开引流。
婴儿肛周脓肿需要保持好良好的大便，避免过于稀淌的大便，大便完成后，需要给予及时的清洁，坚持温水坐浴。观察患儿肛周的红肿状况，感觉皮肤菲薄、有明显的波动感，需要及时进行切开引流。
肛周脓肿需要住院的，肛周脓肿是需要进行手术治疗的，因为这通过保守治疗是无法完全治愈的，并且会反复的发作，只有通过手术做切开引流，术后按时换药消毒，才能完全治愈。
肛周脓肿和肛瘘属于一个病的急性发作和慢性迁延期交替过程，而且对侧又形成了一个，属于多发。应该尽早手术治疗，全麻，很简单、安全，住院观察3～5天。肛周脓肿是肛门直肠周围组织急性化脓感染的结果。痔疮如果没有感染，不会引起肛周脓肿，如果感染长大，可能诱发肛周脓肿。
肛周脓肿可以做收缩肛门的运动，也叫提肛运动。肛周脓肿手术后头几天还是要尽量少运动，多卧床休息。这种运动对于卧床，久坐的白领，久站的劳工等都有好处，平时要注意卫生。
至少一周左右，但会因为年龄、身体素质、病情严重程度、有无并发症、是否合并其他疾病等这些因素而有些不同，具体住院治疗天数还需遵医嘱，轻微的肛周脓肿术后可以不住院，定期去医院进行消毒换药即可。