小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
宝宝慢性肠炎可以用抗生素，配合益生菌，胃肠粘膜保护药物治疗。是由于微生物感染而导致小肠及结肠的炎症。临床表现为腹痛、腹泻等。这期间要注意多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果。
慢性肠炎是有由细菌、病毒或者寄生虫引起的胃肠道疾病。治疗慢性肠炎时需根据细菌药物敏感实验结果选用合适的抗菌药物。还有就是需要补充足够的液体以及纠正电解质和酸中毒。建议在日常生活中要有良好的用餐习惯，不吃变质和不干净的食物。养成餐前便后洗手的习惯。
小孩慢性肠炎是临床常见的症状之一，很多都有腹胀，大便次数增多等症状。治疗上可以口服药物改善腹泻、腹痛症状，也可以口服中药来进行治疗。同时注意饮食，不要饮酒和进食辛辣刺激的、生冷的食物。
注意宝宝多休息和饮食搭配，注意饮食搭配，一般可以用药物治疗，查清是哪种类型的肠炎对症治疗。如果病情严重的话，应该去医院进行检查，然后再做进一步治疗，以免耽误病情。