如果不是长时间持续高烧，一般不会影响到大脑，在这期间建议尽快采取降温，用药物进行治疗。如果采取物理降温效果不好的情况下，可以用带冰帽的方式来起到降温的作用。也可以洗温水澡，这样能够起到快速降温的作用。
宝宝发烧39.3不会对大脑影响，发烧只是一个症状，证明身体内有炎症，但是如果感染是因为神经系统的炎症导致，那么因为炎症本身会损伤，脑组织会出现神经系统的后遗症，而不是因为发热烧坏的脑子。
通常情况下，宝宝如果发烧，建议不要做推拿。具体情况分析如下：
发烧是在致热原作用下或各种原因下引起体温调节中枢的功能障碍时，体温升高超出正常范围的一种现象，主要症状为食欲不振、手脚冰凉、头热、头痛等，宝宝因为发烧身体不适，如果此时再做推拿，可能会加重宝宝的不适感，因此小宝宝如果发烧，建议不要做推拿。
家长可以按照医嘱给宝宝使用具有清热解毒功效的药物来帮助宝宝退烧，比如小儿热速清颗粒、小儿柴桂退热颗粒、小儿豉翘清热颗粒等。
通常情况下，宝宝发烧，家长可以通过使用药物、日常护理等方式进行降温。具体情况分析如下：
使用药物：宝宝发烧，家长可以按照医嘱给宝宝使用小儿双金清热口服液、小儿柴桂退热颗粒、清开灵颗粒等药物进行治疗。
日常护理：宝宝发烧，家长应注意及时给宝宝添衣，给宝宝多喝热水，注意保持宝宝的房间温度适宜，以促进宝宝身体的恢复。
一般情况下，宝宝发烧两天了都没退是否会烧大脑需根据实际情况来判断，具体内容如下：
如果孩子的高烧持续了两日还没有消退，那么正常来说不会烧到脑部，但是如果出现了高温，那么脑细胞会发生变性、坏死，从而造成脑部的损害，如果是由于发热的原因，则会造成脑部的损害，例如：病毒脑膜脑炎、化脓性脑膜脑炎等。孩子发热后两日要做好温度监测，在高烧期间要注意服用布洛芬等退烧剂，并找出原因并采取相应的措施。
出现发热症状，同时伴有抽搐，考虑以下病因导致的，第一需要考虑热性惊厥引起，第二需要考虑颅内感染引起的，第三需要考虑癫痫发作引起的。宝宝的情况需要小儿内科脑电图检查以及脑部核磁共振成像检查，综合分析，明确病因，在做治疗。