影响胃肠功能，引起消化不良，食欲下降，腹痛腹泻，再就是腹胀呕吐。直肠用药药量大，刺激性强，可以直接引起肠粘膜的出血，引起血便。黏膜损伤久治不愈，可引起肠溃疡，造成营养液丢失，引起宝宝营养不良，影响生长发育。
灌肠可以局部用药，对全身的影响比较小，灌肠可以直接作用于消化道，对于孩子便秘、肠炎等引起的消化道问题，具有明显的改善、治疗作用。但是婴儿灌肠也有一定的坏处，如果灌肠操作不当，尤其是灌肠压力过大，会导致孩子出现肠穿孔。会导致肠道菌群的紊乱，因为灌肠的药物会干扰孩子的正常肠道菌群，从而引起肠道菌群的紊乱，孩子会出现便秘、腹泻等其他的消化道症状。
一般情况下，婴儿灌肠有黏膜破损、拉肚子等症状，具体内容如下：
婴幼儿灌肠有一定的好处，但是也有一些不良反应，比如长期的灌肠，会使得肛门括约肌松弛，造成肠的机能失调，出现拉肚子和腹胀。灌肠是有一定危险性的，若没有经过专门的人员进行，可能会造成一些严重的后果，比如肠外的皮肤会对肠造成损害，从而造成粘膜的损害。直肠注射时，药物的配比很大，也不是很严格，很可能会导致过敏。
导致孩子的免疫力降低、肠胃过敏、加重消化不良等等。
由于初生婴儿的肠胃系统发育不健全，会导致孩子的免疫力降低。由于某些诊所会追求见效快，采用大量的激素来进行灌肠，这样对孩子的肠胃免疫力会造成影响。其次如果医生用药不当，很容易造成孩子肠胃过敏，严重时甚至会让孩子有生命危险。最后，灌肠会导致孩子肠道功能紊乱，加重消化不良的现象。
建议：为了避免灌肠对婴儿造成伤害，家长们应该对孩子的饮食健康格外注意。不要让孩子吃太多积食。用科学的餐饮方式均衡孩子的身体营养。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
坏处是有可能杀死肠道内本身就存在的有益菌群，造成体内的菌群失调导致继发性的感染而出现腹泻。好处包括可以避免了孩子口服药物困难，避免了药物对孩子胃部的刺激，防止有些药物经过胃部时被胃酸所破坏和分解等。