宝宝灌肠的坏处是可能导致宝宝肠道损伤，甚至腹泻。长期的应用灌肠可引起结肠炎经常灌肠使本来就很脆弱的肠道正常菌群造到破坏，而且不正规的灌肠也可能对肠倒造成机械损伤，甚至肠穿孔。一定要好好照顾宝宝，不要让其做剧烈的运动，健康饮食，早睡早起，有良好的作息习惯。
宝宝灌肠的主要目的是用来通便排气，所以宝宝灌肠的好处主要就是能够有效的治疗便秘，给孩子灌肠的时候都会出现一定的疼痛，并且溶液会破坏宝宝肠道当中的一些正常菌群，会破坏肠道的黏膜，会使孩子肠道内的环境发生改变。
灌肠是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治愈的目的。如果不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为肠壁比较薄，出现以上的状况可能比较大，而且用激素抗生素，药物等剂量不好掌握，容易增加过敏和药物耐受，严重时会导致结肠炎或者肠道菌群发生改变，肠道感染。
考虑跟支原体、病毒这些感染有关系的，灌肠是通过肠道粘膜吸收的，输液是直接静脉输入，吸收更好，从吸收来说还是输液比较好，但是灌肠对人体伤害较小如果不严重的可以使用灌肠、口服药物治疗，如果这些效果不行，再考虑输液治疗比较好，使用抗感染、止咳这些药物治疗。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
一般灌肠治疗是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治疗目的。如果孩子不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧和治疗作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为小孩的肠壁比较薄。