有20多种肠道病毒导致手足口病，其中最常见的是CoxAsckievirusA16（CoxA16）和肠道病毒71（EV71）。手足口病的感染源是患者和潜伏感染。在流行期间，患者是主要的感染源。患者在疾病发作后1至2周将病毒从咽部排出，并且病毒在约3至5周内从粪便中排出。疱疹液体含有大量病毒，病毒在破裂时会溢出。药物携带者和散发病例是间歇性和流行期间的主要感染源。
手足口病是肠道病毒感染引起的传染病，人是肠道病毒的唯一宿主，人对肠道病毒普遍易感。患者、隐性感染者和无症状的带毒者都是本病的传染源，通过密切接触进行传播。病人口咽部的分泌物，可以通过呼吸道飞沫传给其他人。
手足口疾病的主要传染源为病人本人和隐性的感染者。在流行期间，病人为主要的传染源，因手足口病为肠道病毒，它主要经粪口传播、呼吸道飞沫传播，也可经病人皮肤、黏膜上的疱疹液而传染。
儿童手足口病主要是肠道病毒感染，导致急性、传染性、出血性疾病。
肠道病毒的种类多，主要是由肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型引起手足口病，最近流行的手足口病还有柯萨奇病毒A6型。通常手足口病主要是感染5岁以下的孩子，尤其3岁以下的孩子发病率最高，成人较少。手足口病也称自限性疾病，不用治疗可以自愈，小孩要做好防范工作，每年五一以后是手足口病流行的高发季节，会持续到十一左右。主要通过密切接触传播，预防手足口病要在流行的高发季节，避免到人员比较多，较密集的场所，勤洗手，可以接种手足口病疫苗，孩子六个月以上就可以接种，要接种两次，第一次和第二次间隔一个月以上。
婴儿手足口病初期症状通常有低热、全身不适、腹痛等。
一般情况下，手足口病潜伏期通常为3-5天。在发病前，婴儿可能出现的前驱症状有低热、全身不适、腹痛等，此外，婴儿的口腔粘膜上可能出现散在疼痛性粟粒到绿豆大小的水疱，手、足出现斑丘疹、疱疹，初期为斑丘疹，后变为疱疹，呈圆形或椭圆形，比水痘皮疹小，质地坚硬，皮疹消退后不会留下疤痕或色素沉淀，如果再发生感染，会加重皮肤的损伤。需要注意的是，如果有发展为有肺炎、脑膜炎等疾病的趋势，应立刻到医院治疗。
小儿手足口病早期症状如下：
儿童在手足口病的临床表现是多种多样的，一般都是很轻的，可能同时伴随或不伴有发热。主要表现为手、足、口腔、臀部等部位的皮疹、疱疹。少数病人会出现多种并发症。在初期，病人会出现疲倦、食欲下降、低烧、身体不适、腹痛等症状。发烧1-2天后会在口腔粘膜上出现散在的疼痛性粟粒大小的水泡，手足、臀部等部位会有红色的小斑丘疹，也有可能是皮疹、疱疹性咽峡炎。