婴儿囟门凹陷可以通过药物进行治疗，如果症状不改善，需要带宝宝去医院儿科就诊，进行静脉输液纠正脱水治疗。日常生活中需要多注意婴儿的休息，多点孩子到食物活动，饮食清淡。
通常情况下，婴儿头顶囟门需要及时保护，有意外情况需要进行处理。
囟门，分为前囟和后囟，一般前囟门位于前面，大约在1岁-1岁半闭合；婴儿后囟门在出生后2-4月闭合，平常大人尽量不要触摸宝宝的这些地方，这些都是比较的薄弱的地方，触摸容易影响保护宝宝的大脑组织，需要等其自然的愈合。此外，过早过晚的愈合都是不健康的，未异常情况，及时带宝宝去医院就诊。
若是因为体内缺水而导致的囟门凹陷，可通过补液来进行治疗，补充水和电解质，如果是由营养不良所致，需要给其补充营养素，如果偏食，挑食，厌食等，需要给其检查是否缺乏锌元素来对其进行治疗。
孩子在缺钙感冒或者是腹泻脱水的时候，都会导致囟门凹陷，需要多给孩子晒晒太阳，补充足够水分。如果是缺钙适当进行外源补充，在能够吃辅食的时候，适当添加天然补充食物。
不小心碰到婴儿头顶囟门可以通过一般治疗、就医治疗等方式进行治疗，具体内容如下：
1.一般治疗：不小心碰到婴儿头顶囟门，如果症状不严重需要做好日常护理，可以适当按摩头部，同时保持营养摄入。
2.就医治疗：不小心碰到婴儿头顶囟门如果出现哭闹不止、恶心呕吐、发烧、嗜睡等症状，需要及时就医进行治疗，避免因病情延误，危及患者身体发育。
虽然前囟正常在18个月左右关闭，但有些孩子前囟关闭较早，但并不意味着头颅不再增大，因为头围停止生长要等到13-14岁时骨与骨之间的骨缝融合。因此有些婴儿虽然囟门早闭，但随着脑的发育，头围依然会继续生长，通常不会影响智能的发育。