灌肠可以局部用药，对全身的影响比较小，灌肠可以直接作用于消化道，对于孩子便秘、肠炎等引起的消化道问题，具有明显的改善、治疗作用。但是婴儿灌肠也有一定的坏处，如果灌肠操作不当，尤其是灌肠压力过大，会导致孩子出现肠穿孔。会导致肠道菌群的紊乱，因为灌肠的药物会干扰孩子的正常肠道菌群，从而引起肠道菌群的紊乱，孩子会出现便秘、腹泻等其他的消化道症状。
婴儿灌肠的好处是能够保证药物的使用时间，用药周期和药物剂量的准确。不受饮食哭闹等因素的影响，也没有像输液后的各种不确定因素影响。缺点是必须上医院，有专业人员操作。另外在操作过程中或者是操作不当，肛管容易造成肠道粘膜破损。长时间反复的操作，容易造成肛门失禁。
孩子观察好处就是没有明显的痛苦，用药后吸收也比较快，但是坏处也有的，很可能会导致梗阻或者胃肠道不适的情况，所以应该根据孩子具体的情况来制定合理的治疗方式即可，多休息。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
灌肠用药可以避免口服，对于一些孩子抗拒用药，或者药物本身非常苦的情况下，灌肠可以让孩子能得到有效的药物治疗。灌肠的方法退热效果不确切，药物吸收率也不精确。同时，灌肠的时候会给孩子带来一些不舒服的感觉，而且有可能会刺激宝宝肛门和直肠，引起大便，导致灌肠以后药物很快排出。
坏处是有可能杀死肠道内本身就存在的有益菌群，造成体内的菌群失调导致继发性的感染而出现腹泻。好处包括可以避免了孩子口服药物困难，避免了药物对孩子胃部的刺激，防止有些药物经过胃部时被胃酸所破坏和分解等。