使用卡介苗在使用后可能发生“卡介苗全身性反应”，症状包括：发热39.5℃或39.5℃以上，肺炎、肝炎、外泌尿生殖器官机能异常，有活体组织检查的肉芽肿性炎症等，但不是所有孩子都会出现这种反应。
接种卡介苗很少有副作用的，但如果有呕吐症状一定要马上停药，皮内注射和划伤后三周左右会出现局部红肿，偶尔会有一些疼痛，但是宝宝不会发热，有时局部会有脓包，一般过了四个星期就会结痂消失，但是也有一些宝宝是因为身体的原因，反应时间比较长，所以家长也不用太过于担心。
接种卡介苗后，可能会导致接种点周围的淋巴结肿大，主要表现为腋下淋巴结肿大，这是很常见的现象，当疫苗接种的地方愈合后，淋巴结肿大会自动消失，如果出现严重的副作用，可以及时就医。
卡介苗一般在出生24小时内接种，是预防结核的。接种后会逐渐出现脓包，局部皮肤感染，一般不用治疗。
没有明显皮肤破溃和脓性分泌物渗出，不用治疗。随月龄增长脓包会逐渐干结脱落，形成痘印，即所谓的种豆，出现脓包的时间不同孩子有差别，在接种后3个月内。会有局部皮肤炎性，可能有明显的脓性，红包可能全部表现，也可能不明显。有人可能对疫苗的反应不是特别敏感，每个人出现脓包的时间有一些差别。一般在3个月内都有明显反应，开始可能是发红，可能加重形成脓包。
新生儿接种卡介苗会出现局部部位的红肿，或甚至化脓等情况。因为卡介苗是结核杆菌制成的，这种情况下，结核杆菌会引起局部的免疫反应，从而导致接种部位出现红、肿，甚至化脓的情况。绝大多数，这都属于正常的疫苗接种反应，无需特殊处理，如果化脓症状特别严重，可以给新生儿进行异烟肼的外敷。还会出现全身症状反应，在接种卡介苗以后，出现发热、咳嗽，甚至会出现肺部粟粒样病变。是由于新生儿免疫力比较低下引起的，可以给新生儿查免疫功能。如果免疫缺陷，要禁止给孩子接种其他的疫苗。
“灌浆”期间，洗澡时用干净手帕包扎局部，以免水溅入。建议保持局部清洁，勿用手抓，勤剪指甲，勤换内衣，种后不会引起全身反应，如有发热等情况应及时去医院就诊。
新生儿出生24小时内要注射这种疫苗，过了72小时也可以注射这种疫苗，这疫苗可以有效地预防结核，新生儿出生的当天24小时内，也需要注射预防乙肝的疫苗的。这两种疫苗都可以一天打得。所以不用过于担心，选择合适的时间去就可以了。
接种卡介苗以后，大多是不需要治疗的，一般这个阶段要避免接种部位碰水，以免引起感染的现象发生，同时注意观察宝宝的体温，如果体温超过38.5度，可以适当的应用退热的药物治疗。