新生儿一般在出生就可以吃益生菌，建议在进食后一小时左右吃。
如果新生儿存在有早产、喂养不耐受、新生儿黄疸、出现腹泻、便秘、腹胀等消化道症状，或有过敏等情况，都是可以适量服用益生菌的。其需要在医生指导下使用，以免导致新生儿出现不适症状。健康新生儿一般不用补充益生菌。益生菌是对机体的健康产生有益作用的活性微生物，但是过多补充益生菌也可能会导致小孩出现有益菌群过多。
新生儿益生菌在宝宝出现肠胃消化不良，积食腹胀或者腹泻，便秘的时候吃比较好。如果本身宝宝大便正常，肠胃消化功能也没有任何问题的情况下，并不需要去吃益生菌，因为使用益生菌也并不是完全无害的。
新生儿益生菌在宝宝出现肠胃消化不良，积食腹胀或者腹泻，便秘的时候吃最好。如果本身宝宝大便正常，肠胃消化功能也没有任何问题的情况下，并不需要去吃益生菌，因为使用益生菌也并不是完全无害的，如果长期使用益生菌，在停药后缺乏外界药物的补充有可能会导致肠道菌群失调，容易影响正常的肠胃功能。所以通常只有在肠胃有消化问题的时候才需要使用。
一般情况下，由于个体差异，儿童益生菌什么时候吃最好的说法不恰当，家长可以在儿童大便比较干燥或者便秘的时候，给儿童吃益生菌。具体内容如下：
儿童并不是一定要吃益生菌的，如果孩子出生以后以及在发育期间，饮食和大便各方面都是正常的，通常不需要给孩子服用益生菌。但如果儿童大便比较干燥或者存在便秘的情况，则可以给儿童服用益生菌进行调理。
益生菌通常空腹或跟着饭一起吃，这样的效果是好的，益生菌通常主要治疗小儿的腹泻，包括消化不良、肠炎或痢疾等，有助于宝宝建立正常的肠道菌群，恢复宝宝的消化功能。冲调益生菌的水不能超过37度，温度过高会把益生菌里的活菌剂给杀死，那么就没有效果了。
成人益生菌选择在饭后半小时服用，有利于食物消化与吸收。大多数益生菌是不耐胃酸的。益生菌可抑制有害菌在肠内繁殖，减少毒素和有害物质粘附，促进肠道蠕动，平衡菌群。还可以提高机体免疫力和抵抗力，冲调益生菌不要选择用开水，用37度以下温水，以免益生菌活性失效。需要减少益生菌在空气中的暴露时间，注意避光保存。